Die japanischen Schulen und Hochschulen unterstehen dem Bildungsministerium. Das Schulsystem basiert auf einem Grundgesetz zur Bildung aus dem Jahr 1947; dieses Gesetz wurde in den folgenden Legislaturperioden nachgebessert, um allen Studierenden eine Ausbildung an einer höheren Schule zu ermöglichen. Das japanische Schulsystem wird auch als 6-3-3-4-System bezeichnet. Die Schulpflicht beträgt neun Jahre und ist kostenfrei. Das Schuljahr ist an öffentlichen Schulen in Trimestern eingeteilt. Während der Schulpflichtzeit gibt es anders als in Deutschland kein Sitzenbleiben, d.h. jeder Schüler wird automatisch versetzt.

Die meisten Grund- und Mittelschulen werden von den jeweiligen Gemeinden getragen und finanziell vom Staat unterstützt, um im ganzen Land eine einheitliche Grundausbildung (während der Schulpflicht) zu ermöglichen. Die Grundschule (小学校, shôgakkô) dauert sechs Jahre. Eingeschult werden die Kinder nach Vollendung des 6. Lebensjahrs. Nach der Grundschule besucht man die dreijährige Mittelschule (中学, chûgakkô). Zwar endet mit der Mittelschule die Schulpflicht, jedoch besuchen etwa 97 % aller Mittelschulabgänger die dreijährige Oberschule (高等学校, kôtô gakkô). Der Zugang zu einer Oberschule ist generell durch eine Aufnahmeprüfung geregelt, wobei sich der Ruf und das Ausbildungsniveau der Oberschule im Schwierigkeitsgrad der Aufnahmeprüfung widerspiegeln. Daher besuchen viele Schüler/innen (je nach Jahrgangsstufe 30 – 60 %) zusätzlich zum regulären Schulunterricht an durchschnittlich 2 – 3 Tagen in der Woche (jeweils etwa 2 Stunden) eine Privatschule (auf der Grund- und Mittelschulebene juku, auf der Oberschulebene yobikô), um mit diesem Nachhilfeunterricht die Chancen im Wettbewerb um die Aufnahme in die gewünschte Oberschule bzw. Universität zu verbessern. Der zentrale Zweck dieser Einrichtungen besteht darin, Schüler auf die Anforderungen der Aufnahmetests vorzubereiten. Vor allem die letzten zwei Jahre der Pflichtschulzeit dienen der intensiven Vorbereitung auf die Aufnahmeprüfung zur Oberschule.

Der Abschluss der Oberschule qualifiziert formal zum Eintritt in eine Universität. Allerdings gibt es keine Abschlussprüfung im eigentlichen Sinn, sondern man erwirbt den Abschluss durch regelmäßige Teilnahme am Unterricht und durch Bestehen von Klassenarbeiten. Wie bei den Oberschulen ist auch bei allen Universitäten die Zulassung zum Studium an das Bestehen einer Aufnahmeprüfung geknüpft. Etwa ein Drittel aller Oberschulabgänger geht auf eine Hochschule (大学, daigaku), welche nach vier Jahren mit dem Bachelor (学士, gakushi) abschließt. Nur wenige Studenten schließen daran einen Masterkurs (大学院, daigakuin, zwei Jahre) an und erhalten den Mastergrad (修士, shûshi), noch weniger einen Doktorkurs (meistens drei Jahre) für den Doktortitel (博士, hakushi). Ein höherer Bildungsabschluss wirkt sich selten positiv, und durch das höhere Einstiegsalter mitunter negativ auf die Karriere aus. Umgekehrt gibt es in Japan beliebte, verkürzte Studiengänge. Daher hat sich als weiterer Hochschultyp neben der Universität die überwiegend zwei- (in Ausnahmefällen auch drei-) jährige Kurzuniversität (tanki daigaku, engl. Junior College) etabliert. Die Studienangebote konzentrieren sich weitgehend auf Geistes-, Sozial- und Hauswirtschaftswissenschaften. Etwa 90 % der Studierenden sind weiblich. Der Associate Degree (jungakushi) ist berufsqualifizierend; er bildet aber auch den Übergang in das 3. Studienjahr des Bachelorstudiums an einer Universität. Ein dritter Hochschulweg ist die fünfjährige Technische Fachhochschule (高等専門学校, kôtô senmon gakkô, engl. college of technology), welche nach der Mittelschule besucht werden kann und eine Ausbildungsdauer von 5 Jahren hat. Diese ist eine Art Kombination aus einer zweijährigen beruflichen Oberschule und einer dreijährigen Hochschule. Wegen des deutlichen Berufsbezugs wird sie hier den beruflichen Schulformen zugerechnet. Auch hier wird der Associate Degree erlangt. Die Art des Universitätsabschlusses ist nicht unbedingt wichtig, da die japanischen Unternehmen bereits etwa ein Dreivierteljahr vor Ende der Universitätszeit ihre neuen Mitarbeiter/innen rekrutieren und die meisten Studenten bereits vor ihrem Abschluss wissen, wo sie arbeiten werden. Für die Chancen auf dem Arbeitsmarkt ist es weniger bedeutsam, welche fachlichen Kompetenzen man aus der Schul- oder Studienzeit mitbringt, sondern vor allem, welche Schule oder Universität man besucht hat. Soweit Berufsbildung in Schulen stattfindet, bleibt sie ein nachgeordneter Teil des allgemeinen Schulsystems.

Neben den oben genannten Institutionen der Primar-, Sekundar- und Hochschulbildung gibt es auch vorwiegend private, gewinnorientierte Bildungseinrichtungen, die als "Fachschulen" und "Verschiedenartige Schulen" bekannt sind. Diese bieten eine Vielzahl von praktischen, beruflichen und technischen Bildungsprogrammen an und reagieren so viel flexibler als das öffentliche Schulsystem auf die vielfältigen Bildungsbedürfnisse sowie auf die wechselnden Nachfrageverhältnisse auf dem Arbeitsmarkt. Die Fachschulen bieten verschiedene Fachschulkurse an, welche sich nach ihrem Eingangsniveau in drei Kategorien unterscheiden lassen: Die „Oberschul“-Variante der Fachschule (kôtô senshû gakkô, engl. upper secondary special training school) setzt nur den Mittelschulabschluss voraus und kann als Ersatz für die (berufliche) Oberschule besucht werden. Bei der weitaus überwiegenden Zahl der Fachschulen handelt es sich um postsekundäre Einrichtungen, die als Eintrittsvoraussetzung den Oberschulabschluss verlangen. Die Popularität dieser vergleichsweise berufs- und praxisorientierten Ausbildung wird an ständig steigenden Studierendenzahlen deutlich. Fast jeder sechste Oberschulabgänger absolviert mittlerweile eine zweijährige Fachschulausbildung (senmon katei, engl. special training college). Dieser Bereich des tertiären Bildungssystems expandiert weiterhin am stärksten. Der Staat fördert diese Entwicklung dadurch, dass Absolventen einen quasi-akademischen Titel (jun-gakushi), identisch mit dem der Kurzuniversitäten, verliehen bekommen. Damit verringert sich auch die Kluft im Ansehen zwischen beruflicher und akademischer Bildung.

Eine dritte Kategorie von Fachschulen (ippan katei, engl. general courses) bietet Kurse an, die keine besondere Eingangsqualifikationen voraussetzen und jedem Interessenten offen stehen. Auch diese Kurse werden überwiegend von Oberschulabsolventen belegt. Oftmals bieten die Fachschulen nicht nur eine, sondern mehrere dieser Kursarten an. Das inhaltliche Spektrum des Kursangebots der Fachschulen ist außerordentlich heterogen. Quantitativ besonders bedeutsam sind technische Kurse in Datenverarbeitung und Softwareentwicklung, Kurse im Gesundheitswesen für Krankenpflegeberufe, hauswirtschaftliche Kurse, Kurse für Modedesign und Textilverarbeitung, Wirtschafts- und Verwaltungskurse für Buchhalter/innen und Sekretärinnen sowie Fremdsprachenkurse. Bei dem Schultyp der Verschiedenartigen Schule (kakushu gakkô; engl. miscellaneous schools) handelt es sich um eine Restkategorie, unter die Ausbildungsinstitutionen mit sehr heterogenen Angeboten an Fächern und Fachrichtungen fallen, von denen nur wenige im engeren Sinne berufliche Qualifikationen vermitteln. Die Verschiedenartige Schule kann nach Abschluss der Mittelschule besucht werden. Ein Teil der Kurse dauert nur einige Monate, viele aber auch über ein Jahr. In formaler Hinsicht stellt der Staat nur geringe Anforderungen (im Hinblick auf Kursumfang, Vorbildung, Curricula) an diesen Schultyp. Die quantitativ bedeutsamsten Kurse sind die Fahrschulen zum Erwerb eines Führerscheins und die Einrichtungen zur Vorbereitung auf die Aufnahmeprüfung zur Universität (yobikô). Nur ein kleiner Teil der Verschiedenartigen Schulen bietet Kurse an, die im weitesten Sinne berufliche Qualifikationen in den Bereichen Industrie, Landwirtschaft, Gesundheitswesen und Hygiene, Erziehungs- und Sozialwesen, Hauswirtschaft und Kultur vermitteln.